Merihistoriallisessa museossa esitellään Ruotsin merihistoriallista kulttuuriperintöä valottavia perusnäyttelyitä ja vaihtuvia näyttelyitä. Vuosien kuluessa vaihtuvien näyttelyiden teemat ovat vaihdelleet laaja-alaisesti aina merimaalauksista meriarkeologiaan.
Amphion
Osa Amphion-alusta kuuluu museon pysyviin nähtävyyksiin, ja tosiasiassa museo on rakennettu erityisesti Amphionin peräpeili ja kajuutta esineistöineen huomioon ottaen. Amphion oli Kustaa III:n huvialus, jossa oli saatu vaikutteita Ranskan hovin ylellisestä elämäntyylistä Versailles'ssa. Alus laskettiin vesille 1778, sen hieman yli 100-vuotisesta elämäntarinasta tuli dramaattinen. Se oli jo neitsytmatkallaan vähällä tehdä haaksirikon.
Amphion ei ollut vain huvialus, vaan sitä käytettiin myös sota-aluksena. Se toimi esikunta-aluksena meritaistelussa Venäjää vastaan 1788 – 1790, ja välttyi täpärästi joutumasta venäläisten sotasaaliiksi. Kustaa III:n murhan jälkeen 1792 alus sijoitettiin suojaan, missä sitä säilytettiin, kunnes se vuonna 1829 kunnostettiin.
Onni jäi lyhyeksi. 1850-luvulla Amphionista tuli karanteenialus koleraan sairastuneille. Vuonna 1875 siitä tuli kasarmilaiva. Kymmenen vuotta myöhemmin, 1885, laiva hakattiin polttopuiksi, mutta peräpeili säilytettiin ja nykyisin se on siis Merihistoriallisessa museossa.
Shipping & Shopping
Perusnäyttely Shipping & Shopping kertoo Ruotsin pitkästä ja jännittävästä merenkulkuhistoriasta kaupankäynnin kannalta. Näyttelyssä käsiteltäviä asioita ovat muun muassa, miksi kauppaa käydään, miksi kaupankäynnissä ollaan riippuvaisia merenkulusta ja millaista merimiehen elämä on.
Laiva valmiina
Laiva valmiina on museon kolmas perusnäyttely, jossa on sota-alusten malleja, todellisia esineitä meritaistelujen historiasta, piikeistä konepistooleihin, mutta myös muita esineitä, kuten navigointilaitteita. Mallit kuvaavat Ruotsin laivaston alusten kehitystä 1700-luvun aluksista nykyisiin aluksiin. Näytteillä on muun muassa 1700-luvun fregatteja, tykkiveneitä, sukellusveneitä ja nykyaikaisia korvetteja. Näyttelyssä on myös esineitä ruotsalaisesta sukellusveneestä Ulven, joka haaksirikkoutui Göteborgin edustalla 1943. Ulven osallistui tällöin harjoitukseen ja ajoi saksalaiseen miinaan. Sukellusvene upposi ja sen mukana 33 miestä.
Kun Ulven haaksirikkoutui, sen puhelinpoiju kiskoutui irti. Se on poiju, joka lähetetään ylös pintaan, kun sukellusvene uppoaa. Poiju löydettiin myöhemmin ja se on yksi näyttelyssä esillä olevista esineistä.