På Sjöhistoriska samlar vi in och bygger upp kunskap om kulturmiljöer vid vatten, till exempel hamnar, varv och fyrar. Arbetet sker tillsammans med föreningar, myndigheter, museer, universitet och högskolor. Vi bjuder in intresserade till olika möten och forum, fungerar som stöd och sakkunniga, yttrar oss i remisser och gör bedömningar av maritima miljöer.
Museet arbetar också på olika sätt för att uppmärksamma och stödja bevarandet av kulturhistoriskt intressanta fartyg och båtar. Det görs bland annat genom k-märkning av fartyg och fritidsbåtar. Ansökan om k-märkning görs av ägare. Museet fördelar också ett ekonomiskt bidrag till historiskt värdefulla fartyg, så kallat fartygsstöd. Bidraget kan sökas av ägare till fartyg som blivit k-märkta av Sjöhistoriska eller fartyg som står inför möjligheten att kunna k-märkas.