Några av Sjöhistoriskas museifartyg, som isbrytaren Sankt Erik och fyrskeppet Finngrundet, går att besöka sommartid på Galärvarvet. Men museet äger dessutom en rad historiska fartyg som drivs och underhålls av ideella föreningar. Dessa fartyg har ofta livlig verksamhet och kan ses och besökas vid olika tillfällen. Ibland gästar de Museipiren.
Bareboat charter
En så kallad bareboatcharter, bbc-avtal, (i äldre språkbruk även kallat Skeppslega) är ett avtal för uthyrning eller hyra av ett fartyg eller en båt. I ett sådant avtal står Sjöhistoriska museet kvar som ägare till fartyget medan motparten åtar sig allt underhåll, alla certifieringar, försäkringar, driftskostnader och att hålla med lagstadgad utrustning och besättning. I de avtal Sjöhistoriska museet sluter finns inga ekonomiska förbindelser mellan parterna och de är enbart med ideella föreningar. Sjöhistoriska museet anser att avtalsformen bidrar till att detta flytande kulturarv brukas och bevaras, med betoning på brukande. De föreningar som åtar sig ett fartyg på bbc tar ett stort ekonomiskt och resurskrävande ansvar för dessa fartyg.