I museets samlingar finns några japanska föremål, bland annat en Japansk örlogsflagga med röd sol omgiven av strålar mot vit botten. Just Japans nationsflagga  är en av världens tidigaste. Landets kejsare sågs förr i tiden som ättling till solgudinnan Amaterasu, och det berättas om kejserliga flaggor med solsymboler redan under 600-talet. Nationsflaggan som den ser ut idag antogs 1870 och 1899 antogs en speciell krigs- och örlogsflagga, denna där solen omgavs av strålar. Efter andra världskriget förknippades denna krigsflagga med krigets katastrofala förlopp och japans militanta brutalitet, varför den förbjöds 1945. Den återinfördes dock senare som enbart örlogsflagga.

I samligarna finns också flertalet samurajsvärd och dolkar. Dessa fördes hem som souvenirer under fregatten Vanadis världsomsegling 1883-85.

En gåva från en privatperson 1914 utgör en drygt 60 cm hög mask, troligen en teatermask prydd med riktigt människohår, och ett japanskt träsnitt i färg föreställande en djonk.